（一）原告主体资格判定难

　　实践中，被征收房屋的所有权和使用权状态较为复杂，当事人可能以房屋产权人、公有房屋承租人（执行政府规定租金标准、与公有房屋产权人或者管理人建立租赁关系的个人和单位）、继承人、同住人、私有房屋（以下简称私房）承租人，甚至抵押权人的身份，针对房屋征收补偿协议提起行政诉讼。如何准确判定原告主体是否适格，存在一定难度。

　　（二）民行交叉法律适用难

　　国有土地上房屋征收补偿协议属于行政协议范畴，兼具行政性和协议性，不同于一般行政行为。同时，相较于一般民事协议，国有土地上房屋征收补偿协议在协议订立、履行乃至解除等方面具有特殊性。上述特点决定了在审理此类协议纠纷案件时，可能会出现同时适用行政法律规范与民事法律规范的情形。如何准确适用行政法律规范及民事法律规范，是司法实务中的难点问题。

　　（三）审查内容多、判决方式复杂

　　房屋征收补偿前置环节较多，协议内容也较为复杂，涉诉争议点密集，诉讼类型多样，给付诉讼、确认诉讼、形成诉讼都会出现，在单方行政行为诉讼或履职诉讼中不会出现的违约金请求，也会在国有土地上房屋征收补偿协议案件中出现，这意味着人民法院在审理此类案件时需适用不同的审理思路及判决方式，考虑的因素也更加复杂，这无形中增加了案件审理的难度。